Siempre que un material extraño no esterilizado penetra en una herida, se introducen microorganismos. Si las condiciones existentes en la herida son adecuadas para el crecimiento de uno o más microbios contaminantes, se presenta una infección que puede llegar a extenderse por los tejidos o por el sistema circulatorio.
La introducción en las heridas no puede considerarse como una vía «natural» de transmisión, ya que es demasiado irregular e infrecuente como para asegurar la perpetuación de una especie parásita. Se ha visto que las heridas más frecuentemente infectadas albergan bacterias que viven de ordinario en el suelo, tales como los clostridios. Los clostridios son anaerobios estrictos que no crecen en tejidos sanos. Las heridas profundas, sin embargo, forman un ambiente ideal, ya que hay tejidos muertos (necróticos) presentes, no hay aire y la oxigenación de los tejidos está reducida como consecuencia de la circulación alterada. Los clostridios forman esporas y son tan ubicuos en la naturaleza que cualquier herida profunda en la que se introduzca un trapo o un poco de tierra tiene una elevada probabilidad de quedar contaminada con alguna especie de Clostridium. Muchos de estos organismos producen potentes exotoxinas que matan a los tejidos circundantes del hospedador. Una especie, Clostridium tetani, produce una toxina que afecta a los nervios y causa espasmos musculares. Si no se trata la infección, es casi invariablemente fatal. Esta enfermedad se llama tétanos. Otros clostridios causan graves daños locales (gangrena) en el lugar de la infección. Aunque los clostridios son los más peligrosos patógenos de las heridas, en ellas pueden establecerse muchas otras bacterias. Entre los contaminantes corrientes de las heridas figuran estafilococos, estreptococos, enterobacterias y pseudomonas.
La leptospirosis, que comienza como una infección de una herida, es una enfermedad que afecta a los trabajadores que, debido a su oficio, están en contacto frecuente con aguas contaminadas. Las leptospiras son parásitos de cerdos, perros y roedores y son excretadas por la orina de los animales infectados, Pueden infectar al hombre solamente a través de pequeñas heridas o grietas de la piel y esta enfermedad es muy frecuente entre las personas que trabajan en lugares húmedos, tales como alcantarillas, mercados de pescado, campos húmedos o canales.