El ser humano es hospedador de una gran variedad de bacterias, protozoos y virus patógenos. Además, ciertos miembros de la flora microbiana normal pueden convertirse en invasores y producir enfermedades cuando los mecanismos de defensa del hospedador están suprimidos.
Las propiedades del parásito que causa un daño al hospedador varían dentro de los principales grupos. Las toxinas, responsables de las consecuencias patológicas de muchas infecciones bacterianas, están ausentes o son raras en las infecciones por hongos o protozoos, la mayoría de los cuales deben su patogeneidad a la inducción de reacciones de hipersensibilidad. La hipersensibilidad también desempeña un papel en muchas enfermedades víricas, junto con el daño causado directamente a la célula a causa del crecimiento intracelular del virus. También se observan diferencias en los mecanismos inducibles de resistencia del hospedador mediante los cuales se mantienen bajo control los diferentes grupos microbianos. Los anticuerpos tienen una función destacada en la defensa frente a muchos patógenos bacterianos, pero probablemente poco significativa en otros tipos de infecciones.