El estudio del mecanismo del control nervioso, un aspecto de la fisiología que había permanecido dormido desde los experimentos de Galeno 2.000 años antes, se convirtió también en cosa viva en el siglo XIX. La función de los nervios al enviar mensajes a los músculos y recibirlos a partir de los órganos sensoriales fue, gracias a la obra de Bell (1774-1842) y Magendie (1785-1855), comprendida finalmente, y se hallaron sus relaciones en la vasta complejidad del sistema nervioso. Ello arrojó luz para comprender la función de control que ejerce el más complicado de los órganos: el cerebro.
Incluso en el siglo XIX los biólogos materialistas tenían dudas sobre la naturaleza absoluta de fenómenos puramente mentales. La fisiología empezó a revelar que incluso los cuerpos de los animales más simples son infinitamente más complicados de lo que habían imaginado los filósofos.