2. Proyecto HapMap

Objetivos del proyecto HapMap

El objetivo del Proyecto Internacional HapMap era crear un mapa de haplotipos del genoma humano. A menudo conocido como el HapMap, éste describe los patrones comunes de la variación genética humana.

El HapMap proporciona un recurso clave que los investigadores pueden usar para encontrar genes que afectan a la salud, la enfermedad y las respuestas a los medicamentos y los factores ambientales. La información producida por el proyecto está ahora disponible gratuitamente en bases de datos públicas a los investigadores del mundo.

El Proyecto Internacional HapMap comenzó oficialmente con una reunión, celebrada del 27 al 29 de octubre de 2002, y logró su objetivo de completar el mapa en un plazo de tres años. El proyecto fue una colaboración entre investigadores de centros académicos, grupos de investigación biomédica sin fines de lucro y empresas privadas en Japón, el Reino Unido, Canadá, China, Nigeria y los Estados Unidos.

¿Por qué es importante estudiar la variación genética?

La mayoría de las enfermedades comunes, tales como la diabetes, el cáncer, las enfermedades del corazón, los accidentes cerebrovasculares, la depresión y el asma, son afectadas por muchos genes y factores ambientales. Aunque cualquier par de personas no emparentadas tienen alrededor del 99.9 por ciento de las secuencias de su ADN en común, el 0.1 por ciento restante es importante porque contiene las variantes genéticas que influyen en cómo las personas se diferencian entre sí en su riesgo de enfermedades o en la respuesta a medicamentos.

El descubrimiento de las variantes en las secuencias de ADN que contribuyen al riesgo de enfermedades, ofrece una de las mejores oportunidades para entender las causas complejas de muchas enfermedades comunes en los seres humanos.

Haplotipos

Un haplotipo en genética es una combinación de alelos de diferentes loci de un cromosoma que son transmitidos juntos. Un haplotipo puede ser un locus, varios loci, o un cromosoma entero dependiendo del número de eventos de recombinación que han ocurrido entre un conjunto dado de loci.

En un segundo significado, un haplotipo es un conjunto de polimorfismo de un solo nucleótido (SNPs) en un cromosoma particular que están estadísticamente asociados. Cuando varios SNP se agrupan en un cromosoma, se heredan como un bloque conocido como haplotipo.

HapMap (abreviatura de “mapa de haplotipos“) es un catálogo de variantes genéticas comunes llamadas polimorfismos de un solo nucleótido o SNP ("Single Nucleotide Polymorphism").

Estrategia científica del proyecto

Para crear el HapMap, se genotipificaron las muestras de 3 millones de SNP en todo el genoma humano. Cuando comenzó el proyecto, había 2.6 millones de SNP en la base de datos pública llamada dbSNP. Sin embargo, muchas regiones cromosómicas tenían muy pocos SNP, y muchos SNP eran demasiado poco frecuentes como para ser útiles, así que se necesitaban millones de SNP adicionales para crear el HapMap. El proyecto descubrió otros 6 millones de SNP. El genotipado fue realizado por 11 centros en Canadá, China, Japón, el Reino Unido y los Estados Unidos.

Para la Fase I, cada centro genotipificó todas las muestras para sus cromosomas asignados. Los centros utilizaron seis tecnologías de genotipado. El mapa inicial de la Fase I produjo datos sobre un millón de SNP en las muestras del HapMap, espaciadas homogéneamente en todo el genoma.

En la Fase II, otros 2.1 millones de SNP fueron genotipados en las muestras. La calidad del genotipado fue evaluada usando muestras en duplicado, pidiendo a todos los centros genotipificar un conjunto estándar de SNP y confirmar algunos de los genotipos producidos por otros centros y al comparando la superposición de datos con otros proyectos.