El propio Descartes reconoce el problema que se plantea en su filosofía con el tema de la demostración de la existencia de Dios. En la apuesta cartesiana, si no consigo demostrar que Dios existe, entonces caigo en el problema que ha sido llamado "solipsismo". La cuestión es muy seria: estriba en si Descartes puede pasar del orden del pensamiento a la realidad física, a lo corpóreo, o ha de quedar para siempre encerrado en un mundo de ideas, en un orden metafísico sin referencia ni contacto alguno con el mundo físico.
El solipsismo es, podríamos decir, como "el pensamiento encerrado en sí mismo": no consigue llegar al mundo, que ha sido puesto previamente en duda (o, mejor dicho, no consigo demostrar que el mundo mismo existe; soy una cosa que piensa, únicamente).
No hay que confundir este problema con otro que también se ha planteado a su sistema por parte de sus detractores. Sería el llamado problema del "círculo vicioso". Brevemente, lo que vendría a decir es que, puesto que Descartes ha confiado todo en su sistema a demostrar que Dios existe, si no lo consigue, entonces el sistema cae por su peso. La demostración de la existencia de Dios es la pieza clave de la bóveda del sistema cartesiano. Sin ella el sistema se tambalea. (Como en el siguiente ejemplo: sin Dios, no hay nada.)
Al introducir la hipótesis del geniecillo maligno, lo que Descartes nos quiere decir es que no podemos estar seguros absolutamente de nada. Algunos autores relacionan esta cuestión con el tema de Dios.
Si Descartes utiliza en primer lugar el principio de evidencia, y éste no es propiamente seguro hasta que hemos demostrado que Dios existe (por el llamado "principio de veracidad divina": puesto que Dios es bueno y bondadoso no puede querer que yo viva en el engaño), entonces Descartes ha realizado una petición de principio ("petitio principii") en su sistema. Ha dado por evidente algo de lo que no puede estar absolutamente seguro hasta que demuestra que Dios existe (pero esto lo demuestra después de lo primero; de ahí la circularidad en la argumentación). Vaya lío, ¿no?